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Coronavirus : des virus proches du SARS-CoV-2 découverts chez des chauves-souris

 

Une équipe de l'institut Pasteur a détecté des virus proches du Sars-CoV-2 chez des chauves-souris. Ces souches seraient capables d’infecter "efficacement" des cellules humaines. 

 

 

Avec l'épidémie de Covid-19 actuelle, de nombreuses questions émergent quant au mode de contamination initiale de cette maladie. C'est pourquoi plusieurs espèces animales ont été étudiées pour identifier d'éventuels réservoirs et/ou hôtes intermédiaires du SARS-CoV-2 depuis son émergence. De précédentes études avaient montré que le SARS-CoV-2 provenait probablement de chauves-souris insectivores étant donnée sa proximité génomique avec différents coronavirus de chauve-souris. Afin d’identifier l’existence de coronavirus animaux proches du SARS-CoV-2 en milieu naturel, une collaboration internationale de chercheurs dont ceux de l'Institut Pasteur a effectué une mission de terrain auprès de différentes espèces de chauves-souris vivant dans le nord du Laos.

 

Pour cela, des chercheurs de l’Institut Pasteur du Laos et de la Faculté des Sciences Environnementales de l’Université Nationale du Laos ont effectué des prélèvements sur les chauves-souris. D'autres chercheurs ont ensuite séquencé les génomes des virus mis en évidence. Ils ont en particulier identifié trois virus : BANAL-103, BANAL-236 et BANAL-52. Comme l'explique l'étude qui fait l’objet d’une prépublication sur le site « Research Square », ces derniers présentent des similitudes génomiques avec le SARS-CoV-2. Notamment dans un domaine clé de la protéine de spicule (dite protéine Spike), celle qui permet au nouveau coronavirus de pénétrer dans les cellules humaines et qui est la cible d’anticorps produits par l’organisme après l’infection.

 

Par le biais de différents examens, les chercheurs ont démontré une affinité similaire de ces trois coronavirus de chauve-souris et du virus SARS-CoV-2 pour le récepteur humain ACE2 nécessaire à l’entrée du SARS-CoV-2 dans les cellules de l’hôte, ainsi qu’une capacité à entrer dans les cellules humaines via ce même récepteur. En revanche, les chercheurs montrent que ces virus ne possèdent pas de site de clivage par la furine, présent chez le SARS-CoV-2. La furine permet le clivage de la protéine de spicule afin de l’activer et de permettre aux virus nouvellement synthétisés dans l’organisme d’infecter plus facilement leurs cellules cibles. Elle permet ainsi de cliver la protéine de spicule et d’assurer ainsi la fusion entre la membrane du virus et celle de la cellule humaine.

 

Or, ce « site de clivage » favorise en particulier l’entrée du virus dans les cellules respiratoires. « L’existence de ces virus découverts chez le réservoir animal chauve-souris conforte l'hypothèse selon laquelle le SARS-CoV-2 pourrait être originaire de chauves-souris vivant dans les vastes reliefs karstiques de la péninsule indochinoise partagés par le Laos, le Vietnam et la Chine. Nos résultats tendent à prouver que d’autres virus proches pourraient représenter un risque pour la santé humaine.» souligne Marc Eloit, Professeur de virologie à l’École nationale vétérinaire d’Alfort. Les chercheurs craignent que les personnes travaillant dans ces grottes, certaines communautés qui y vivent ou encore les touristes qui les visitent soient de fait très à risque d'être exposés.

 

Selon eux, l'identification de ces nouveaux coronavirus ouvre de nouveaux champs d'investigation sur les interactions hôte-virus. Enfin, l'équipe scientifique espère que cette découverte permettra de mieux comprendre les facteurs qui ont conduit à l’émergence du virus SARS-CoV-2. Car la question reste à savoir si une recombinaison entre différents virus est impliquée ou s'il s'agit de l'évolution d'une seule lignée de virus sur une longue période. Par ailleurs, si le coronavirus à l’origine du SARS-Cov-2 vient du monde animal et infecte les chauve-souris, une hypothèse reste à explorer : déterminer si le virus est probablement passé par un hôte animal dit « intermédiaire » comme le pangolin ou un autre animal pour créer au final un nouveau virus capable d’infecter l’homme.

 

Quelques mois auparavant, des chercheurs de l’Université d’East Anglia avaient également découvert au Royaume-Uni un nouveau virus appartenant à un sous-groupe de coronavirus appelé « sarbecovirus ». Leur étude publiée dans la revue « Scientific Reports » indique que ce dernier est proche à la fois du SARS-CoV-2 et du SARS-CoV (responsable de l'épidémie initiale de SRAS de 2003). L'animal « hôte » est la chauve-souris fer à cheval présente notamment en Europe, Afrique, Asie et Australie. Les chercheurs ont collecté des échantillons de matières fécales de plus de 50 chauves-souris fer à cheval dans le Somerset, le Gloucestershire et le Pays de Galles et les ont envoyés pour analyse virale.

 

Le séquençage du génome a permis de découvrir ce nouveau coronavirus dans l'un des échantillons, que l'équipe a nommé « RhGB01 » et dont la protéine « S » est identique à 77% à celle du SARS-CoV-2 et à 81% à celle du SARS-CoV. « C'est la première fois qu'un sarbécovirus est découvert chez une chauve-souris fer à cheval et le premier à être découvert au Royaume-Uni. », note l'équipe scientifique qui précise que ces chauves-souris devaient héberger ce virus depuis plusieurs milliers d'années. L'étude indique qu'il est peu susceptible de présenter un risque direct pour l'Homme à moins qu'il ne mute, par exemple si un humain infecté par le Covid-19 le transmet à une chauve-souris infectée par le RhGB01.

 

« Ce virus n'est pas une menace car le domaine de liaison au récepteur, partie du virus qui se fixe aux cellules hôtes pour les infecter, n'est pas compatible avec la capacité d'infecter les cellules humaines. », expliquent les chercheurs. Mais le problème est que toute chauve-souris hébergeant un coronavirus de type SRAS peut provoquer une opportunité de recombinaison génétique. « Si une chauve-souris infectée par le RhGB01 était infectée par le SARS-CoV-2, il y a un risque que ces virus s'hybrident et qu'un nouveau virus émerge et infecte les gens. », concluent-ils.

 

 

 

Auteur : 
Alexandra Bresson
Publié le le 23 sept. 2021
https://www.santemagazine.fr/actualites/actualites-sante/coronavirus-des-virus-proches-du-sars-cov-2-decouverts-chez-des-chauves-souris-896647

 

 

 

 

 

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