Variant Omicron : ce que l’on sait de l’activité neutralisante des anticorps, du risque de réinfection et de l’efficacité des vaccins
Illustration d’une particule virale de SARS-CoV-2 entourée d’anticorps © Imperial College London
Initialement détecté au Botswana et en Afrique du Sud, le variant Omicron (B.1.1.529) est le cinquième variant préoccupant depuis le début de la pandémie Covid-19 due au SARS-CoV-2*. C’est également celui qui inquiète le plus les virologistes, immunologistes et épidémiologistes. En effet, plusieurs études in vitro indiquent que les nombreuses mutations présentes dans la protéine spike du coronavirus ont pour conséquence de réduire la capacité de neutralisation des anticorps dirigés contre ce nouveau variant.
Ces travaux s’ajoutent à des données issues du programme national sud-africain de surveillance épidémiologique qui rapportaient un risque accru de réinfection associé à ce nouveau variant. Cette étude, qui consistait en une analyse rétrospective des données épidémiologiques, suggérait qu’Omicron possède une capacité accrue à entraîner une réinfection chez des individus préalablement infectés. En d’autres termes, les auteurs estimaient que le variant Omicron est capable d’échappement immunitaire, ce que confirment donc de nouveaux résultats obtenus en laboratoire par des équipes basées en Afrique du Sud, en Suède, en Allemagne, au Royaume-Uni, en Autriche et aux États-Unis.
Deux groupes d’Omicron
Il s’avère par ailleurs que l’analyse phylogénétique montre que la population du variant Omicron est composée en réalité de deux groupes. Le groupe majoritaire (BA.1) comporte les mutations caractéristiques de ce nouveau variant. Existe également un groupe minoritaire (BA.2) qui partage des mutations avec Omicron mais aussi quelques différences, notamment l’absence de la délétion en position 69-70 dans la protéine spike (qui a comme conséquence une absence de détection du gène S (S gene target failure ou SGTF) aux tests PCR couramment utilisés. Le groupe BA.2, dont peu de séquences génomiques sont disponibles, n’a pas encore été observé au Royaume-Uni. Dans ce pays, le taux de détection de SGTF, en tant que marqueur indirect (proxy) du variant Omicron, a quasiment été multiplié par cinq entre le 20 novembre et le 5 décembre 2021.
L’Agence britannique de sécurité sanitaire (UK Health Security Agency, UKHSA) estimait, au vu des taux de détection de SGTF, qu’environ 1,6 % de tous les cas de Covid-19 détectés sur les prélèvements réalisés le 3 décembre étaient très probablement dus au variant Omicron. Par ailleurs, au Royaume-Uni, le temps de doublement des cas dus à Omicron est estimé à 2,5 jours.
Un avantage de transmissibilité par rapport à Delta
Au Royaume-Uni, les données épidémiologiques obtenues dans le cadre familial et auprès de sujets contacts d’un cas index infecté par Omicron montrent un taux de transmission plus élevé qu’en cas d’infection par le variant Delta. Les taux d’attaque secondaire seraient donc supérieurs, même s’il convient à ce stade d’être prudent dans la mesure où la recherche des cas contacts est sans doute plus poussée autour des cas d’infection par ce nouveau variant. Il est à noter que ces études préliminaires n’ont pas intégré certains paramètres importants. En effet, les résultats n’ont pas été ajustés en fonction du statut vaccinal ou de l’existence d’infection antérieure par le SARS-CoV-2.
Proportion des infections dues au variant Omicron estimée à partir de tous les prélèvements avec SGTF, en fonction d’un temps de doublement estimé à 2,5 jours. De tels échantillons biologiques sont maintenant hautement prédictifs d’Omicron. @ UKHSA
Dans son dernier rapport technique en date du 10 décembre 2021, l’Agence britannique de sécurité sanitaire indique que 19 % des cas index Omicron ont donné lieu à un cas secondaire familial contre 8,2 % avec un cas index Delta.
L’analyse statistique, après ajustement sur divers paramètres (âge, sexe, groupe ethnique, type de résidence, nombre de sujets contacts familiaux, région), montre que le risque de transmission dans le foyer familial à partir d’un cas index infecté par le variant Omicron apparaît être 3,2 fois supérieur à celui observé pour un cas index dû au variant Delta. De même, le risque qu’un sujet contact devienne un cas secondaire confirmé est 2,09 fois plus élevé avec Omicron qu’avec Delta. Enfin, au sein du foyer familial, le taux d’attaque secondaire évalué à partir des données du contact tracing en routine, est de 21,6 % avec le variant Omicron (versus 10,7 % avec Delta).
L’ensemble de ces données préliminaires semble donc indiquer l’existence d’un avantage de transmissibilité d’Omicron par rapport à Delta. Les experts britanniques font remarquer qu’il est possible que cette analyse ait pu être affectée par une vérification plus poussée des cas d’Omicron, mais notent que la plupart des notifications de transmissions dans les foyers familiaux sont antérieures au début de la recherche améliorée des sujets contacts concernant Omicron. En tout état de cause, ajoutent-ils, l’analyse de la transmissibilité de ce nouveau variant dans le cadre familial devra être poursuivie afin d’améliorer sa précision.
Une vague d’Omicron pourrait s’ajouter à la vague de Delta
Les données issues des tests réalisés en population générale font également état d’un avantage de croissance d’Omicron. « La proportion de cas d’infection avec SGTF (qu’on considère donc comme hautement prédictifs d’Omicron) continue de croître rapidement. Le taux de croissance estimé d’Omicron, basé sur le nombre ajusté de SGTF, est de 0,35 par jour. Si Omicron continue de croître au rythme actuel, le nombre de cas Omicron devrait atteindre la parité avec les cas Delta – en l’occurrence un nombre équivalent de cas – à la mi-décembre », souligne la UKHSA. Autrement dit, une vague d’Omicron pourrait donc rapidement s’ajouter à l’actuelle vague de Delta.
Les experts britanniques estiment que le temps de génération (nombre de jours entre le moment où une personne est infectée et celui où elle infecte une autre personne) est de 5,2 jours. Et d’en déduire que le taux de reproduction effectif serait de 3,7.
Forte réduction de la capacité neutralisante des anticorps
À ce jour, plusieurs études préliminaires internationales ont rapporté une réduction de 20 à 40 fois de la capacité neutralisante des sérums de sujets vaccinés avec deux doses de Pfizer par rapport aux variants antérieurs. Cette réduction est au minimum de 10 fois en comparaison avec le variant Delta.
Quant aux deux études britanniques, réalisées par la UKHSA et l’université d’Oxford, elles rapportent une baisse plus de 20 fois moindre.
Une réduction plus importante de la capacité de neutralisation a été observée avec le sérum de sujets vaccinés avec deux doses d’Astra Zeneca, avec dans de nombreux cas une activité neutralisante se situant même en deçà de la limite de quantification du test de neutralisation. L’administration d’une dose de rappel par un vaccin à ARN messager a entraîné une augmentation de l’activité neutralisante quel que soit le schéma vaccinal antérieur. Dans la mesure où ces résultats ont été obtenus peu de temps après la dose de rappel, il est absolument nécessaire de disposer de données sur un plus long terme afin d’évaluer la durée de la capacité neutralisante des anticorps générés par un schéma vaccinal à trois doses.
Les tests évaluant la capacité de neutralisation par les anticorps ont utilisé des sérums provenant de sujets Covid-19 convalescents et d’individus vaccinés vis-à-vis du variant Delta. Les résultats ont été publiés sous forme de preprints, non encore évalués par les pairs. Certaines études ont été réalisées en utilisant des pseudotypes, c’est-à-dire des virus artificiellement porteurs à la surface de mutations de la protéine spike du SARS-CoV-2 et qui miment donc le variant en question. D’autres ont été effectuées, dans des laboratoires de haute sécurité, sur des virus vivants authentiques.
Bien que les méthodologies diffèrent et que les sérums proviennent de différentes catégories de sujets et de patients, ces résultats montrent tous une diminution de la capacité neutralisante des anticorps dirigés contre le variant Omicron par rapport aux autres variants du SARS-CoV-2.
Une étude sud-africaine, conduite par l’équipe d’Axel Sigal (Africa Health Research Institute, Durban), montre que la neutralisation du virus par des sérums provenant de personnes ayant été infectées avant d’être complètement vaccinées reste efficace contre ce nouveau variant. En revanche, chez les sujets uniquement vaccinés avec deux doses de vaccin Pfizer, la capacité neutralisante des anticorps vis-à-vis du virus vivant Omicron peut être jusqu’à 41 fois inférieure à celle vis-à-vis du variant vivant Delta.
De même, les résultats préliminaires, non encore publiés mais diffusés sur Twitter par la virologue Sandra Ciesek (Francfort, Allemagne), vont dans le même sens. Elle note également que le pouvoir neutralisant des anticorps produits après une double dose de vaccin est diminué de 40 fois par rapport à Delta. Elle souligne par ailleurs que seulement 25 % des personnes doublement vaccinées avec le vaccin Pfizer puis infectés possèdent un sérum ayant une activité neutralisante vis-à-vis d’Omicron. Ce chiffre est le même pour les personnes ayant reçu un rappel avec le vaccin Pfizer depuis trois mois, après une double vaccination Pfizer. Il passe en revanche à 70 % deux semaines après un rappel avec Pfizer faisant suite à une vaccination avec deux doses de Moderna.
Une étude autrichienne, conduite par Annika Rössler et Janine Kimpel (université médicale d’Innsbruck) et publiée le 11 décembre sous forme de preprint sur medRxiv, confirme que le variant Omicron échappe à la neutralisation par les sérums de personnes doublement vaccinés et ceux de sujets convalescents. En revanche, elle indique que tous les sérums des individus qui ont été infectés puis vaccinés deux fois par le vaccin Pfizer, ou qui ont été vaccinés et ensuite infectés, ont réussi à neutraliser Omicron, mais à un degré moindre que ce qu’on observe avec le variant Delta.
Quid de l’efficacité vaccinale contre une infection symptomatique par Omicron ?
Mais qu’en est-il de la capacité des vaccins à protéger d’une infection symptomatique par Omicron ? Des données préliminaires obtenues par une étude britannique indiquent que l’efficacité vaccinale est significativement inférieure vis-à-vis d’une infection symptomatique par Omicron par rapport à l’infection par Delta, que les personnes aient reçu le vaccin d’Astra Zeneca ou celui de Pfizer. En d’autres termes, deux doses de vaccin s’avèrent insuffisantes pour conférer un niveau de protection adéquat contre une forme légère de Covid-19 due au variant Omicron. En revanche, un rappel avec le vaccin Pfizer permet d’augmenter ce taux de protection.
L’Agence britannique de sécurité sanitaire a évalué l’efficacité vaccinale de deux doses du vaccin Pfizer et Astra Zeneca contre la maladie Covid-19 symptomatique, avec et sans rappel Pfizer. Le rappel, qui consistait en une troisième dose administrée au moins 140 jours après la seconde, a été réalisé après la mi-septembre 2021.
L’analyse a inclus 56 439 cas d’infection par Delta et 581 cas d’infection par Omicron. Seuls les prélèvements réalisés après le 27 novembre ont été inclus dans cette analyse car cela correspond à la période durant laquelle la présence de SGTF au test PCR est devenue prédictive de celle du variant Omicron.
Efficacité vaccinale vis-à-vis de la maladie symptomatique après la seconde dose et la dose de rappel (3e dose) pour les sujets ayant reçu le vaccin Astra Zeneca (à gauche) ou le vaccin Pfizer (à droite). Dans les deux cas, le rappel a consisté à administrer le vaccin Pfizer. Concernant les personnes vaccinées avec le vaccin Astra Zeneca, l’efficacité vaccinale est passée à environ 71 % (IC95% : 41,8-86,0%) deux semaines après le rappel avec le vaccin Pfizer. Elle atteignait environ 76 % (IC95% : 56,1-86,3%) chez celles qui avaient été vaccinées avec deux doses du vaccin Pfizer. Andrews N, et al. @ UKHSA
Il n’a pas été observé de protection contre la maladie symptomatique due au variant Omicron durant les 15 semaines suivant la seconde dose chez les individus qui avaient reçu deux doses de vaccin Astra Zeneca.
Parmi les personnes ayant reçu deux doses du vaccin Pfizer, l’efficacité vaccinale a été de 88 % durant une période de 2 à 9 semaines après la deuxième dose, chutant à 48 % entre la 10e et la 14e semaine après la deuxième dose, puis déclinant encore entre 34 % et 37 % 15 semaines après la deuxième dose.
Chez les personnes ayant reçu deux doses du vaccin Astra Zeneca, l’efficacité vaccinale a été portée à 71,4 % deux semaines après un rappel avec le vaccin de Pfizer. Chez les sujets qui avaient été complètement vaccinés avec Pfizer, l’efficacité vaccinale a atteint 75,5 % après le rappel avec ce même vaccin.
En résumé, une efficacité vaccinale modérée à élevée contre l’infection légère, car de l’ordre de 70 % à 75 %, a donc été observée pendant une courte période après le rappel (3e dose) suivant un schéma vaccinal complet avec Pfizer ou Astra Zeneca. À ce stade, on ne dispose donc pas d’informations sur la durée de la protection conférée par le rappel.
Quant à Pfizer, la firme a fait savoir le 8 décembre par voie de communiqué de presse que les résultats d’une première étude en laboratoire montrent que « les anticorps sériques induits par le vaccin Pfizer-BioNTech COVID-19 (BNT162b2) neutralisent le variant Omicron du SRAS-CoV-2 après trois doses. Les sérums obtenus des personnes vaccinées un mois après avoir reçu la vaccination de rappel (troisième dose du vaccin BNT162b2) ont neutralisé le variant Omicron à des niveaux comparables à ceux observés pour la protéine spike du SARS-CoV-2 de type sauvage après deux doses ».
En raison du faible nombre de cas Omicron dans cette première analyse, les estimations de l’efficacité vaccinale contre Omicron comportent cependant un certain niveau d’incertitude avec de larges intervalles de confiance. Ils devront donc être affinés par des analyses ultérieures, soulignent Nick Andrews et ses collègues dans un preprint daté du 9 décembre.
Ces données vont dans le même sens que celles obtenues lors des tests de neutralisation effectués par des équipes sud-africaines, allemandes, suédoises et britanniques, qui indiquaient une réduction de l’activité neutralisante de 20 à 40 fois du sérum de sujets vaccinés avec deux doses du vaccin Pfizer par rapport aux souches ancestrales et d’au moins 10 fois en comparaison du variant Delta. Ces mêmes études avaient également observé une augmentation de la capacité de neutralisation des anticorps après la dose de rappel.
Les chercheurs n’ont pas été en mesure de déterminer la protection contre les formes graves de Covid-19 en raison à la fois du faible nombre de cas liés au variant Omicron et du décalage existant entre l’infection et la survenue d’une forme sévère de la maladie.
Même si ces résultats doivent être interprétés avec prudence en raison du faible nombre de patients inclus dans cette analyse, ces premières données semblent encourageantes dans la mesure où avec les variants antérieurs, l’efficacité vaccinale contre les formes graves, notamment contre l’hospitalisation et le décès, avait été supérieure à celle vis-à-vis des formes légères, indique le rapport de la UKHSA. Les chercheurs britanniques estiment donc, au vu de l’expérience acquise, qu’il en sera vraisemblablement de même avec Omicron. Et d’ajouter que cela prendra de toute façon du temps avant que l’on dispose de résultats fiables en matière d’efficacité vaccinale contre les formes sévères de Covid-19.
En résumé, les données de neutralisation in vitro n’impliquent pas une réduction de l’efficacité du vaccin contre les formes graves de Covid-19, dans lesquelles les réponses immunitaires à médiation cellulaire (lymphocytes B et T mémoires) interviennent également. Or l’évaluation de la réponse cellulaire est particulièrement laborieuse à mettre en évidence sur le plan expérimental.
Ces données préliminaires doivent cependant être confirmées par des études de plus grande envergure incluant des sérums provenant d’individus présentant des profils immunologiques différents (ayant reçu des vaccins différents, ayant ou non reçu un rappel, ayant antérieurement développé une maladie Covid-19 plus ou moins sévère), ainsi que des sérums collectés à des moments différents après l’infection et/ou après la vaccination, fait remarquer le Centre européen de contrôle et de prévention des maladies (ECDC) dans une note publiée en ligne le 10 décembre.
Premiers cas documentés d’infection post-vaccinale due à Omicron
Mais qu’en est-il de l’efficacité vaccinale vis-à-vis des formes symptomatiques plus légères ? Un élément de réponse vient d’être apporté par des chercheurs sud-africains qui présentent leurs données sur le site de prépublication SSRN montrant l’existance possible d’un échappement immunitaire chez des personnes complètement vaccinées.
Ces chercheurs ont fait état, pour la première fois, de cas d’infection par le variant Omicron en Afrique du Sud chez des individus complètement vaccinés et ayant reçu une dose de rappel. Ces patients, qui séjournaient au Cap, ont développé entre le 30 novembre et le 2 décembre, une Covid-19 avec des symptômes légers à modérés (mal de gorge, fatigue, tout sèche, maux de tête, congestion nasale, rhinite). Seul un patient a présenté de façon transitoire, le troisième jour, une anosmie et une agueusie (perte de l’odorat et du goût). Aucun patient n’a été hospitalisé.
L’ensemble de ces données cliniques semble indiquer qu’une vaccination complète suivie d’un rappel confère donc une bonne protection contre une forme sévère de Covid-19 dans la mesure où la symptomatologie a été modérée.
Ces données concernent un groupe de visiteurs allemands qui avaient donc reçu trois doses de vaccin. Ce groupe comprenait cinq femmes et deux hommes (d’âge compris entre 25 et 39 ans). Quatre d’entre eux travaillaient dans des hôpitaux locaux alors que les autres étaient en vacances. À leur arrivée en Afrique du Sud durant la première quinzaine de novembre, leur test PCR était négatif.
Six personnes avaient été complètement vaccinées avec le vaccin Pfizer. Cinq d’entre elles avaient reçu un rappel (3e dose) de Pfizer en octobre ou début novembre. Une autre personne avait reçu début octobre un rappel avec Moderna. Une septième avait reçu une première dose d’Astra Zeneca, une deuxième dose de Pfizer et un rappel avec Pfizer. Les doses de rappels avaient été administrées entre 5 et 10 mois après la deuxième dose. Aucun de ces individus n’avait développé d’infection antérieure par le SARS-CoV-2.
Chez cinq patients, l’infection a été confirmée par séquençage. Dans les deux autres cas, le séquençage n’a pas été possible, mais l’infection a été considérée comme étant due à Omicron au vu des liens épidémiologiques avec les autres patients.
Constanze Kuhlmann, chercheuse à l’université de Munich et ses collègues du Cap, ont évalué la charge virale de patients chez lesquels le variant Omicron a été capable d’échapper à l’immunité induite par la vaccination par ARN messager et à un rappel. Celle-ci était en moyenne de 4,16 x 107, avec un pic à 1,65 x 108 copies par mL dans l’écouvillonnage au quatrième jour après le début des symptômes. La charge virale était donc élevée chez ces patients. Là encore, soulignent les auteurs, ces données doivent être considérées avec prudence car préliminaires.
Ces données sur la charge virale de ces patients semblent faire écho à celles récemment obtenues au niveau national au Royaume-Uni. En effet, les valeurs du Ct dans les cas avec SGTF, marqueur indirect (« proxy ») de la présence du variant Omicron, diminuent rapidement depuis le 30 novembre, passant de 30 à 23. On rappelle que la charge virale est indirectement évaluée par le Ct (Cycle Threshold) qui est le nombre de cycles d’amplification pour atteindre le seuil de détection lors de la réaction PCR. Plus la valeur du Ct est basse et plus il y a de virus dans le prélèvement analysé. En comparaison, les valeurs Ct dans les cas où la PCR ne s’accompagne pas de SGTF (proxy du variant Delta) sont plus élevées, comprises entre 30 et 35. Sachant que lors des vagues précédentes, des valeurs de Ct déclinantes ont été observées chez les individus en période d’infection aiguë, ces données pourraient s’expliquer par l’actuelle croissance rapide, quasi-exponentielle, des cas liés au variant Omicron.
Nombre cumulé de cas par variant rapporté en fonction des jours ayant suivi l’identification initiale. La propagation communautaire du variant Omicron interpelle les experts britanniques qui note sa très forte croissance initiale par rapport à celle qui avait été observée avec les autres variants. @ UKHSA
Réinfections
Quid du risque de réinfection avec Omicron ? À ce propos, le rapport technique de l’Agence britannique de sécurité sanitaire fait état de cas de réinfection chez des individus ayant présenté une infection confirmée, hautement probable ou probable à Omicron, dont le prélèvement a été effectué entre le 1er novembre et le 3 décembre 2021. Parmi 329 personnes dans ce cas, 17 (4,9 %) avaient déjà été infectées.Pour 16 d’entre elles, leur dernier test PCR positif pour le SARS-CoV-2 remontant à plus de 90 jours, elles ont donc été considérées comme ayant développé une réinfection. Chez un autre patient, il s’est écoulé 88 jours entre les deux tests PCR positifs.
Ces individus considérés comme réinfectés avaient un âge compris entre 23 et 57 ans (âge médian 37 ans). L’intervalle de temps entre une infection antérieure par le SARS-CoV-2 (selon les cas, par le variant Alpha ou Delta) et une réinfection par Omicron était compris entre 88 et 541 jours (durée médiane de 314 jours).
On ne peut pas conclure de ces données préliminaires qu’il existe globalement un risque accru de réinfection. Là encore, une surveillance épidémiologique à plus long terme s’impose.
L’ensemble des données, recueillies entre le 20 novembre et le 5 décembre et reposant sur le séquençage du génome entier, font état de 25 cas de réinfections par Omicron et de 366 réinfections par d’autres variants. L’analyse statistique indique que le risque de réinfection pour Omicron est 5,2 plus important que pour les autres variants**. Là encore, insistent les experts britanniques, ces estimations sont préliminaires.
Quid de la sévérité clinique ?
Reste enfin à déterminer quelle est la sévérité clinique des cas de Covid-19 dus au nouveau variant Omicron. Des informations anecdotiques et fragmentaires en provenance d’Afrique du Sud, reposant notamment sur un faible taux d’occupation de lits en soins critiques, un moindre recours à l’oxygénothérapie, une durée moins longue d’hospitalisation, une moindre mortalité hospitalière, au cours des trois ou quatre dernières semaines par rapport à ce qu’on a observé auparavant, pourraient indiquer que ce nouveau variant provoque une maladie moins sévère.
Cela dit, on sait qu’un variant moins pathogène mais beaucoup plus transmissible peut, mathématiquement, provoquer beaucoup d’hospitalisations et de décès. Il serait très imprudent, au vu d’informations préliminaires, fragmentaires et donc non validées, de miser sur une moindre virulence d’Omicron par rapport à Delta. Il importe donc de rester particulièrement vigilant et de respecter plus que jamais les gestes barrières, en particulier le port du masque, la distanciation physique et l’aération des espaces clos.
Par ailleurs, des données préliminaires en provenance d’Afrique du Sud semblent indiquer que la plupart des patients admis à l’hôpital ont moins de 40 ans, mais il convient d’être particulièrement prudent avant d’en conclure quoi que ce soit. En tout état de cause, un suivi rigoureux au cours des prochaines semaines permettra de préciser les manifestations cliniques liées à une infection à Omicron ainsi que d’évaluer le pronostic associé.
Des données préliminaires, provenant du ministère de la santé sud-africain et communiquées le 10 décembre, font état d’une efficacité vaccinale contre les formes sévères de Covid-19 due au variant Omicron de seulement 68,7 %*** chez les personnes doublement vaccinées avec le vaccin de Pfizer et de 92,4 %*** chez les individus vaccinés puis infectés.
Qu’en est-il au Royaume–Uni ? Dans son rapport mis en ligne le 10 décembre, l’Agence britannique de sécurité sanitaire (UKHSA) indiquait « À ce jour, aucun cas d’infection par Omicron n’a été signalé comme ayant fait l’objet d’une hospitalisation ou d’un décès. Par conséquent, il n’est pas possible de comparer le risque d’hospitalisation ou de décès avec d’autres variants. Cependant, il faut noter que dans la plupart des cas le prélèvement a été réalisé très récemment et qu’il existe un décalage entre le début de l’infection et l’hospitalisation ou le décès ». Là encore, insistait l’UKHSA, il faudra attendre plusieurs semaines avant de connaître la proportion des formes graves liées à Omicron par rapport à celles associées à Delta durant la même période.
À peine deux jours plus tard, le 12 décembre, les responsables de santé (Chief Medical Officers) de l’Angleterre, de l’Écosse, du Pays de Galles et de l’Irlande du Nord ont indiqué dans un communiqué commun diffusé par le ministère de la santé que les données sur la gravité de la maladie seront certes plus claires au cours des prochaines semaines, mais que « des hospitalisations dues à Omicron ont déjà eu lieu et il est probable qu’elles augmentent rapidement ».
Les autorités britanniques misent sur le rappel pour éviter de submerger les hôpitaux. Le Premier ministre Boris Johnson, parlant d’ « un raz-de-marée d’Omicron qui arrive », a annoncé dimanche 12 décembre au soir une forte accélération de la campagne de rappel vaccinal, avec l’objectif de proposer une troisième dose de vaccin contre la Covid-19 à tous les plus de 18 ans en Angleterre. Ils pourront désormais en bénéficier avant le Nouvel An. Les autres nations du Royaume-Uni (Écosse, Irlande du Nord et Pays de Galles) vont également accélérer leur programme de vaccination.
Il est possible qu’il ne faille pas attendre très longtemps avant que ces données de terrain concernant la sévérité associée à l’infection par Omicron soient disponibles dans d’autres pays européens. En effet, la diffusion d’Omicron ne cesse de progresser dans la zone Europe, déjà largement touchée par l’épidémie due au variant Delta. Selon l’ECDC, au 10 décembre, le variant Omicron avait été détecté dans 23 pays : Allemagne, Autriche, Belgique, Chypre, Croatie, Danemark, Espagne, Estonie, Finlande, France, Grèce, Islande, Irlande, Italie, Lettonie, Liechtenstein, Norvège, Pays-Bas, Portugal, République tchèque, Roumanie, Slovaquie, Suède. Les autorités sanitaires danoises ont commencé le 12 décembre à faire état de patients hospitalisés infectés par le variant Omicron (2 471 cas, 27 hospitalisations).
Et des épidémiologistes de craindre la survenue d’une nouvelle vague de très forte ampleur peu après la cinquième dont le pic semble proche. Autrement dit, de redouter une sixième vague due au variant Omicron en janvier en France.
Marc Gozlan (Suivez-moi sur Twitter, Facebook, LinkedIn)
* Le variant Omicron a émergé après les variants Alpha (ex-variant britannique B.1.1.7), Beta (ex-variant sud-africain B.1.351), Gamma (ex-variant brésilien P1) et Delta (ex-variant indien B.1.617.2). Les variants Zeta et Theta ont été rétrogradés par l’Organisation mondiale de la santé (OMS) et ne sont plus des variants sous surveillance. Quant aux variants Kappa, Iota, Eta et Epsilon, leur menace a également été revue à la baisse par l’OMS. Ils sont aujourd’hui considérés comme des variants sous surveillance. Les variants Lambda (C.37) et Mu (B.1.621), respectivement détectés au Pérou et en Colombie, sont répertoriés comme variants d’intérêt.
** Avec un IC95% : 3,4-7,6.
*** Avec un IC95% : 32,1-90,0 %.
**** : Avec un IC95% : 71,5-98,2 %.
Pour en savoir plus :
SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England Technical briefing 31. UK Health Security Agency. 10 December 2021
Risk assessment for SARS-CoV-2 variant: Omicron VOC-21NOV-01 (B.1.1.529). UK Health Security Agency. 9 December 2021.
Roessler A, Riepler L, Bante D, et al. SARS-CoV-2 B.1.1.529 variant (Omicron) evades neutralization by sera from vaccinated and convalescent individuals. medRxiv. Posted December 11, 2021. doi: 10.1101/2021.12.08.21267491
Schmidt F, Muecksch F, Weisblum Y, et al. Plasma neutralization properties of the SARS-CoV-2 Omicron variant. [Preprint].
Kuhlmann C, Mayer CM, Claassen M, et al. Breakthrough Infections with SARS-CoV-2 Omicron Variant Despite Booster Dose of mRNA Vaccine. SSRN. [Preprint]. Posted: 10 Dec 2021. doi: 0.2139/ssrn.3981711
Wilhelm A, Widera M, Grikscheit K, et al. Reduced Neutralization of SARS-CoV-2 Omicron Variant by Vaccine Sera and Monoclonal Antibodies. medRxiv. Posted December 11, 2021. doi: 10.1101/2021.12.07.21267432
Sheward DJ, Kim C, Pankow A. Quantification of the neutralization resistance of the Omicron Variant of Concern. [Preprint].
Cele S, Jackson L, Khan K, et al. SARS-CoV-2 Omicron has extensive but incomplete escape of Pfizer BNT162b2 elicited neutralization and requires ACE2 for infection. medRxiv. Posted December 09, 2021. doi: 10.1101/2021.12.08.21267417.
Andrews N, Stowe J, Kirsebom F, et al. Effectiveness of COVID-19 vaccines against the Omicron (B.1.1.529) variant of concern. [Preprint]. Posted 9 Dec 2021.
Cao Y, Wang J, Fanchong Jian F, et al. B.1.1.529 escapes the majority of SARS-CoV-2 neutralizing antibodies of diverse epitopes. bioRxiv. Posted December 9, 2021. doi: 10.1101/2021.12.07.470392
Sur le web :
UK coronavirus (COVID-19) alert level increased from Level 3 to Level 4. Department of Health and Social Care. Published 12 December 2021)
Evidence paper on rapid rise of Omicron cases. Scottish Government. Published: 10 Dec 2021
Epidemiological update: Omicron variant of concern (VOC) – data as of 10 December 2021 (12:00). ECDC. 10 Dec 2021.
Status of the SARS-CoV-2 variant Omicron in Denmark. Staten Serum Institut (10 Dec 2021)
Pfizer and BioNTech Provide Update on Omicron Variant (communiqué de presse Pfizer, 8 décembre 2021)
LIRE aussi : Variant Omicron : un risque d’échappement immunitaire
Covid-19 : ce qu’on sait et ce qu’on ignore sur le nouveau variant Omicron (B.1.1.529)
13 DÉCEMBRE 2021 PAR MARC GOZLAN
https://www.lemonde.fr/blog/realitesbiomedicales/2021/12/13/variant-omicron-ce-que-lon-sait-de-lactivite-neutralisante-des-anticorps-du-risque-de-reinfection-et-de-lefficacite-des-vaccins/
关于Omicron变体的抗体中和活性、再感染风险和疫苗有效性的已知信息
Omicron变体(B.1.1.529)最初在博茨瓦纳和南非被发现，它是Covid-19大流行以来第五个令人担忧的变体。多国病毒学家、免疫学家和流行病学家对Omicron变体进行了进一步研究。
研究表明：
冠状病毒刺突蛋白中存在的众多突变会降低针对这种新变体的抗体中和能力。Omicron具有更强的诱导先前感染个体再次感染的能力，能够免疫逃逸。与感染Delta变体相比，传播率更高，抗体的中和能力下降：
- Omicron变异种群分为两类：多数组(BA.1)，包含此新变体特征的突变；少数群体(BA.2) 与Omicron共享突变，同时存在差异，常用的PCR测试显示，刺突蛋白的69-70位没有缺失，这导致没有检测到S基因（S基因靶标失败或SGTF)。
- 家庭范围内的测试显示：感染Omicron变体的指示病例在家庭住宅中传播的风险比Delta变体高3.2倍。Omicron的接触对象成为确诊继发性病例的风险是Delta的2.09倍。Omicron变体的二次攻击率为21.6%，（而Delta为10.7%）。
- 与Delta相比，接种两针疫苗后产生的抗体的中和能力降低了40倍。接种了两针辉瑞疫苗，然后被感染的人，只有25%的人血清中带有对Omicron的中和抗体。接种两针辉瑞疫苗三个月后又接种辉瑞疫苗加强针的人，该比率是相同的。另外，在接种两剂Moderna疫苗后，再使用辉瑞(Pfizer)加强疫苗两周后，该比率为70%。与原始菌株相比接种两剂辉瑞疫苗的受试者血清中和活性降低了20至40倍，与Delta变体相比降低了至少10倍。疫苗对有症状Omicron感染者的有效性显着降低，两剂疫苗不足以对Omicron变体感染引起的轻度Covid-19提供足够的保护。
- 在接受两剂阿斯利康疫苗的个体中，在第二剂后15周内未观察到对Omicron变体引起的有症状病症的保护力。在接种两剂辉瑞疫苗的人中，接种第二剂后的2至9周内疫苗效力为 88%；第二剂后第10至14周期间疫苗效力下降至48%，然后进一步下降至34%；第二剂后15周为37%。
- 南非出现的完全接种了疫苗并进行过加强针接种的Omicron变体感染病例表明完全接种疫苗的人可能存在免疫逃逸。慕尼黑的专家通过分析患者身上的病毒载量证实Omicron变体已能够逃避信使RNA疫苗和加强剂带来的免疫。
- 英国初步研究表明先前感染过SARS-CoV-2变种的患者是能够被Omicron再次感染的，其风险比其他变体高5.2倍。同样周期内Omicron与Delta感染的重症率对比情况仍需要数周时间进行确认。
Omicron在欧洲地区不断传播，波及面已经超过了Delta变体。截至12月10日，已在23个国家/地区检测到Omicron变种：德国、奥地利、比利时、塞浦路斯、克罗地亚、丹麦、西班牙、爱沙尼亚、芬兰、法国、希腊、冰岛、爱尔兰、意大利、拉脱维亚、列支敦士登、挪威、荷兰、葡萄牙、捷克共和国、罗马尼亚、斯洛伐克、瑞典。
Omicron变体出现在Alpha（前英国变体 B.1.1.7）、Beta（前南非变体 B.1.351）、Gamma（前巴西变体 P1）和Delta（前印度变体变体 B .1.617.2)之后。Zeta和Theta变体已被世界卫生组织(WHO)降级，不再受监视。Kappa、Iota、Eta 和 Epsilon 变体，其威胁力也已被世界卫生组织降低，但仍受监视。在秘鲁和哥伦比亚分别检测到的Lambda(C.37)和Mu (B.1.621)变体被列为受关注的变体。
