Coronavirus : des virus proches du SARS-CoV-2 découverts chez des chauves-souris

 

Une équipe de l'institut Pasteur a détecté des virus proches du Sars-CoV-2 chez des chauves-souris. Ces souches seraient capables d’infecter "efficacement" des cellules humaines. 

 

 

Avec l'épidémie de Covid-19 actuelle, de nombreuses questions émergent quant au mode de contamination initiale de cette maladie. C'est pourquoi plusieurs espèces animales ont été étudiées pour identifier d'éventuels réservoirs et/ou hôtes intermédiaires du SARS-CoV-2 depuis son émergence. De précédentes études avaient montré que le SARS-CoV-2 provenait probablement de chauves-souris insectivores étant donnée sa proximité génomique avec différents coronavirus de chauve-souris. Afin d’identifier l’existence de coronavirus animaux proches du SARS-CoV-2 en milieu naturel, une collaboration internationale de chercheurs dont ceux de l'Institut Pasteur a effectué une mission de terrain auprès de différentes espèces de chauves-souris vivant dans le nord du Laos.

 

Pour cela, des chercheurs de l’Institut Pasteur du Laos et de la Faculté des Sciences Environnementales de l’Université Nationale du Laos ont effectué des prélèvements sur les chauves-souris. D'autres chercheurs ont ensuite séquencé les génomes des virus mis en évidence. Ils ont en particulier identifié trois virus : BANAL-103, BANAL-236 et BANAL-52. Comme l'explique l'étude qui fait l’objet d’une prépublication sur le site « Research Square », ces derniers présentent des similitudes génomiques avec le SARS-CoV-2. Notamment dans un domaine clé de la protéine de spicule (dite protéine Spike), celle qui permet au nouveau coronavirus de pénétrer dans les cellules humaines et qui est la cible d’anticorps produits par l’organisme après l’infection.

 

Par le biais de différents examens, les chercheurs ont démontré une affinité similaire de ces trois coronavirus de chauve-souris et du virus SARS-CoV-2 pour le récepteur humain ACE2 nécessaire à l’entrée du SARS-CoV-2 dans les cellules de l’hôte, ainsi qu’une capacité à entrer dans les cellules humaines via ce même récepteur. En revanche, les chercheurs montrent que ces virus ne possèdent pas de site de clivage par la furine, présent chez le SARS-CoV-2. La furine permet le clivage de la protéine de spicule afin de l’activer et de permettre aux virus nouvellement synthétisés dans l’organisme d’infecter plus facilement leurs cellules cibles. Elle permet ainsi de cliver la protéine de spicule et d’assurer ainsi la fusion entre la membrane du virus et celle de la cellule humaine.

 

Or, ce « site de clivage » favorise en particulier l’entrée du virus dans les cellules respiratoires. « L’existence de ces virus découverts chez le réservoir animal chauve-souris conforte l'hypothèse selon laquelle le SARS-CoV-2 pourrait être originaire de chauves-souris vivant dans les vastes reliefs karstiques de la péninsule indochinoise partagés par le Laos, le Vietnam et la Chine. Nos résultats tendent à prouver que d’autres virus proches pourraient représenter un risque pour la santé humaine.» souligne Marc Eloit, Professeur de virologie à l’École nationale vétérinaire d’Alfort. Les chercheurs craignent que les personnes travaillant dans ces grottes, certaines communautés qui y vivent ou encore les touristes qui les visitent soient de fait très à risque d'être exposés.

 

Selon eux, l'identification de ces nouveaux coronavirus ouvre de nouveaux champs d'investigation sur les interactions hôte-virus. Enfin, l'équipe scientifique espère que cette découverte permettra de mieux comprendre les facteurs qui ont conduit à l’émergence du virus SARS-CoV-2. Car la question reste à savoir si une recombinaison entre différents virus est impliquée ou s'il s'agit de l'évolution d'une seule lignée de virus sur une longue période. Par ailleurs, si le coronavirus à l’origine du SARS-Cov-2 vient du monde animal et infecte les chauve-souris, une hypothèse reste à explorer : déterminer si le virus est probablement passé par un hôte animal dit « intermédiaire » comme le pangolin ou un autre animal pour créer au final un nouveau virus capable d’infecter l’homme.

 

Quelques mois auparavant, des chercheurs de l’Université d’East Anglia avaient également découvert au Royaume-Uni un nouveau virus appartenant à un sous-groupe de coronavirus appelé « sarbecovirus ». Leur étude publiée dans la revue « Scientific Reports » indique que ce dernier est proche à la fois du SARS-CoV-2 et du SARS-CoV (responsable de l'épidémie initiale de SRAS de 2003). L'animal « hôte » est la chauve-souris fer à cheval présente notamment en Europe, Afrique, Asie et Australie. Les chercheurs ont collecté des échantillons de matières fécales de plus de 50 chauves-souris fer à cheval dans le Somerset, le Gloucestershire et le Pays de Galles et les ont envoyés pour analyse virale.

 

Le séquençage du génome a permis de découvrir ce nouveau coronavirus dans l'un des échantillons, que l'équipe a nommé « RhGB01 » et dont la protéine « S » est identique à 77% à celle du SARS-CoV-2 et à 81% à celle du SARS-CoV. « C'est la première fois qu'un sarbécovirus est découvert chez une chauve-souris fer à cheval et le premier à être découvert au Royaume-Uni. », note l'équipe scientifique qui précise que ces chauves-souris devaient héberger ce virus depuis plusieurs milliers d'années. L'étude indique qu'il est peu susceptible de présenter un risque direct pour l'Homme à moins qu'il ne mute, par exemple si un humain infecté par le Covid-19 le transmet à une chauve-souris infectée par le RhGB01.

 

« Ce virus n'est pas une menace car le domaine de liaison au récepteur, partie du virus qui se fixe aux cellules hôtes pour les infecter, n'est pas compatible avec la capacité d'infecter les cellules humaines. », expliquent les chercheurs. Mais le problème est que toute chauve-souris hébergeant un coronavirus de type SRAS peut provoquer une opportunité de recombinaison génétique. « Si une chauve-souris infectée par le RhGB01 était infectée par le SARS-CoV-2, il y a un risque que ces virus s'hybrident et qu'un nouveau virus émerge et infecte les gens. », concluent-ils.

 

 

Auteur : 
Alexandra Bresson
Publié le le 23 sept. 2021
https://www.santemagazine.fr/actualites/actualites-sante/coronavirus-des-virus-proches-du-sars-cov-2-decouverts-chez-des-chauves-souris-896647
 

 

 

在蝙蝠身上发现了近SARS-CoV-2病毒

 

巴斯德研究所的一支团队在蝙蝠中检测到类似于 Sars-CoV-2 的病毒。这些菌株将能够“有效”感染人类细胞。

 

随着当下Covid-19 疫情演变，致力于研究感染源的项目越来越多。自 SARS-CoV-2 出现以来，已经研究了多种动物物种以识别可能的宿主和/或中间宿主。先前的研究表明，SARS-CoV-2可能起源于食虫蝙蝠，因为它的基因组与各种蝙蝠冠状病毒很接近。为了确定大自然中是否存在与 SARS-CoV-2 接近的动物冠状病毒，包括巴斯德研究所在内的国际合作研究组对生活在老挝北部地区的不同种类的蝙蝠进行了实地考察。

 

老挝巴斯德研究所和老挝国立大学环境科学学院的研究人员从蝙蝠身上采集了样本。随后对鉴定出的病毒的基因组进行了测序。他们识别出三种病毒：BANAL-103、BANAL-236 和 BANAL-52。该研究是“Research Square”网站上论文预印本主题，论述了这些病毒与 SARS-CoV-2 具有基因组相似性。特别是在刺突蛋白（Spike蛋白）区域，它是让新型冠状病毒进入人体细胞的关键区域，也是人体感染后产生抗体的目标。

 

通过各种的检测，研究人员证明了这三种蝙蝠冠状病毒和 SARS-CoV-2 病毒对 SARS-CoV-2 进入宿主细胞所必需的ACE2受体具有相似的亲合性，且都具备通过该受体侵入人体细胞的能力。另一方面，研究人员表明，这些病毒没有 SARS-CoV-2 中存在的弗林蛋白酶裂解位点。弗林蛋白酶能裂解刺突蛋白，激活并使病毒在体内重新合成而更容易感染靶细胞。它也裂解刺突蛋白，从而确保病毒膜与人体细胞膜之间的融合。

 

然而，这种“裂解位点”容易促进病毒进入呼吸道细胞。在动物蝙蝠宿主中发现的这些病毒的存在支持了 SARS-CoV-2 可能起源于生活在老挝、越南和中国共享的印度支那半岛广阔岩溶地貌中的蝙蝠的假设。其它近病毒可能对人类健康构成威胁，这些洞穴作业者、周边居民或游客实际上很可能被暴露。

 

这些新型冠状病毒的鉴定开辟了宿主-病毒相互作用研究的新领域。希望这一发现能够更好地了解导致 SARS-CoV-2 病毒出现的因素。是否与不同病毒之间的重组有关联，或者是否是单个病毒系的长期进化的结果，都还有待研究。此外，如果导致SARS-Cov-2的冠状病毒来自动物并感染蝙蝠，还有一个假设有待探索：确定该病毒是否可能通过穿山甲等所谓的“中间”动物宿主，最终创造出一种能够感染人类的新病毒。

 

东英吉利大学的研究人员在英国发现了一种属于冠状病毒亚群的新病毒，称为“sarbecovirus”。其发表在 《Scientific Reports》 杂志上的研究表明，该病毒与 SARS-CoV-2 和 SARS-CoV（引发2003 年SARS 疫情的元凶）都接近。“宿主”动物是菊头蝠，常见于欧洲、非洲、亚洲和澳大利亚。研究人员在萨默塞特、格洛斯特郡和威尔士收集了 50 多只菊头蝠的粪便样本，并将它们送去进行病毒分析。

 

经基因组测序在其中一个样本中发现了这种新型冠状病毒，命名为“RhGB01”，其“S”蛋白与 SARS-CoV-2 的同源性为 77%，与 SARS-CoV 的同源性为 81%。这是首次在菊头蝠中发现sarbecovirus病毒，也是首次在英国发现。这些蝙蝠携带这种病毒已有数千年。该研究表明，除非它发生变异，例如感染了 Covid-19 的人将病毒其传播给感染了 RhGB01 的蝙蝠而变异，否则不太可能对人类构成直接危险。

 

这种病毒本身不足以构成威胁，因为受体结合域是病毒的一部分，它附着在宿主细胞上以感染它们，与感染人类细胞的能力不相容。但任何携带类似 SARS 冠状病毒的蝙蝠都可能导致基因重组。如果一只感染过 SARS-CoV-2的蝙蝠感染了 RhGB01，这些病毒就有杂交的风险，一种新病毒可能出现并感染人类。

 

 

作者 ：亚历山德拉•布列松