Les variants BA.4 et BA.5 d’Omicron ont une grande capacité à échapper aux anticorps induits par la vaccination et l’infection

 

 

© Imperial College London

 

 

Les sous-variants BA.4 et BA.5 d’Omicron sont capables d’échapper de façon notable aux anticorps produits après vaccination ou après infection naturelle, selon une étude publiée le 22 juin 2022 dans The New England Journal of Medicine (NEJM). Il en est de même pour un autre sous-variant d’Omicron, BA.2.12.1, qui représente actuellement la souche de SARS-CoV-2 dominante aux États-Unis.

 

 

Omicron comporte cinq sous-lignages désignés BA.1, BA.2, BA.3, BA.4 et BA.5. Le sous-variant BA.2.12.1, largement présent aux États-Unis, renferme deux mutations (L452Q et S704L) de plus que BA.2. Les variants BA.4 et BA.5 possèdent une protéine spike identique. Leur séquence génétique est très comparable à celle du variant BA.2, mais s’en distingue néanmoins par la présence de plusieurs mutations supplémentaires, telles que la délétion Δ69-70 et les mutations L452R et F486V. Elle ne possède cependant pas la mutation Q493R présente dans BA.2. Hachmann NP, et al. N Engl J Med. 2022 Jun 22.

 

On rappelle que le variant Omicron inclut les cinq sous-lignages BA.1, BA.2, BA.3 (qui circule peu), BA.4 et BA.5. Suite à leur circulation, BA.1 et BA.2 ont été à leur tour subdivisés en sous-lignages. C’est ainsi que le sous-variant BA.2.12.1 a émergé en avril aux États-Unis. Ce variant préoccupant y est aujourd’hui majoritaire (56 % des souches circulantes), tandis que BA.4 et BA.5 sont identifiés dans respectivement 23,5 % et 11,4 % des cas. 

 

En France, selon Santé publique France, au cours de l’enquête Flash S23 (du 7 juin), BA.2 représentait 33% des séquences interprétables (51% en incluant l’ensemble de ses sous-lignages) et BA.5 41%. Lors de l’enquête Flash précédente (S22 du 30 mai), BA.2 représentait 55 % des séquences et BA.5 23 %. Depuis début juin, plusieurs sous-lignages de BA.5 ont été décrits, allant de  BA.5.1 à BA.5.5, et incluant également BE.1 et BF.1.

 

L’équipe de Dan Barouch du Beth Israel Deaconess Medical Center de Boston a évalué la capacité neutralisante du sérum provenant de 27 sujets triplement vaccinés (deux doses de vaccin à ARN messager Pfizer et rappel) et de 27 autres personnes qui avaient été infectées, en moyenne 29 jours plus tôt, par le sous-variant BA.1 ou BA.2 d’Omicron.

 

L’équipe bostonienne a dans un premier temps déterminé le pouvoir neutralisant des sérums de ces sujets vaccinés ou récemment infectés vis-à-vis de pseudovirus. On rappelle que des pseudovirus sont d’autres virus que le SARS-CoV-2 dont ils miment les propriétés. Ils sont en effet artificiellement porteurs à leur surface de la protéine spike des variants BA.1, BA.2, BA.2.12.1, BA.4 ou BA.5.

 

Les chercheurs ont utilisé des pseudovirus dotés de la protéine spike des sous-variants d’Omicron (BA.1, BA.2, BA.2.12.1, BA.4 et BA.5) afin de déterminer si les anticorps présents dans les sérums des participants (vaccinés ou infectés) étaient capables de les neutraliser. La capacité neutralisante de ces anticorps a été établie en comparaison à celle vis-à-vis de la souche de référence aux États-Unis (USA-WA1/2020), isolée chez un patient en juin 2020.

 

Titres en anticorps neutralisants, six mois après administration de deux doses de vaccin et deux semaines après le rappel vaccinal (booster) contre des pseudovirus mimant la souche de référence WA et quatre sous-variants d’Omicron : BA.1; BA.2, BA.2.12.1, BA.4 et BA.5. Hachmann NP, et al. N Engl J Med. 2022 Jun 22.

 

Il s’avère que six mois après administration du vaccin Pfizer, le titre (quantité) en anticorps neutralisants contre le pseudovirus porteur de la protéine spike de la souche de référence WA1/2020 était de 124. En revanche, le titre en anticorps neutralisants dirigés contre tous les autres variants était inférieur à 20.

 

Deux semaines après injection de la dose de rappel, la capacité de neutralisation a augmenté de manière notable. Celle-ci était de 5783 contre l’isolat de référence WA1/2020, de 900 contre le sous-variant BA.1, de 829 contre BA.2, de 410 contre BA.2.12.1 et de 275 contre BA.4 ou BA.5.

 

En d’autres termes, en comparaison avec la réponse neutralisante vis-à-vis de la souche WA1/2020, l’activité des anticorps neutralisants contre BA.1 est 6,6 fois inférieure contre BA.1, 7 fois inférieure contre BA.2 et de 14,1 fois inférieure contre BA.1.12.1. Contre BA.4 et BA.5, le pouvoir neutralisant des anticorps est 21 fois moindre que celui observé avec la souche de référence.

 

Par rapport au sous-variant BA.1, les anticorps dirigés contre BA.2.12.1 sont 2,2 moins neutralisants et ceux spécifiques de BA.4 ou BA.5 le sont 3,3 fois moins.

 

Nicole Hachmann et ses collègues précisent que tous les participants vaccinés contre la Covid-19, sauf un, avaient été infectés par BA.1 et BA.2. Par ailleurs, ils soulignent que, dans la mesure où tous les prélèvements des échantillons sanguins n’ont pas été effectués au même moment après le début des symptômes chez tous les participants, les titres en anticorps n’étaient sans doute pas au niveau du pic pour tous les sérums testés.

 

Titres en anticorps neutralisants contre la souche de référence (WA) et quatre sous-variants d’Omicron (BA.1; BA.2, BA.2.12.1, BA.4, BA.5) chez les participants ayant été infectés par BA.1 ou BA.2. Tous les sujets infectés, sauf un, avait été vaccinés. Les écarts de différence de neutralisation entre les différents sous-variants sont indiqués. La ligne en pointillés représente la limite de détection du test. Hachmann NP, et al. N Engl J Med. 2022 Jun 22.

 

Parmi les participants ayant antérieurement développé la Covid-19, les auteurs précisent que la capacité neutralisante était de 11 050 contre la souche de référence WA.1/2020, de 1 740 contre BA.1, de 1 150 contre BA.2.12.1 et de seulement 590 contre BA.4 et BA.5.

 

Ces données montrent que, comparé avec ce qui a été observé contre l’isolat de référence WA.1/2020, le titre médian en anticorps neutralisants était 6,4 fois inférieur contre BA.1 et 5,8 fois moindre contre BA.2. Surtout, on observe, par rapport à la souche de référence, un pouvoir neutralisant des anticorps réduit de 9,6 fois contre BA.2.12.1 et 18,7 fois inférieur contre BA.4 ou BA.5.

 

Là encore, les chercheurs ont observé que le pouvoir neutralisant des anticorps contre BA.2.12.1, BA.4 et BA.5 est moindre par rapport à ce que l’on observe contre le précédent variant BA.1. Ainsi, les anticorps neutralisants contre BA.2.12.1 sont 1,5 fois moins efficaces que ceux dirigés contre BA.1. Enfin, les titres en anticorps neutralisants contre BA.4 ou BA.5 sont 2,9 fois inférieurs à ceux contre BA.1.

 

BA.4 et BA.5 sont encore plus capables que BA.1 et BA.2 d’échapper aux anticorps neutralisants induits par la vaccination ou l’infection

 

Ces résultats montrent que les sous-variants BA.2.12.1, BA.4 et BA.5 échappent de manière substantielle aux anticorps neutralisants induits à la fois chez les sujets vaccinés et ceux qui ont déjà été infectés par BA.1 et BA.2, premiers sous-variants d’Omicron.

 

Surtout, ces données indiquent que les titres en anticorps neutralisants contre BA.4 et BA.5, et dans une moindre mesure contre BA.2.12.1, sont inférieurs à ceux observés contre BA.1 et BA.2. Ceci suggère donc qu’ « Omicron a continué à évoluer en augmentant sa capacité d’échappement immunitaire », soulignent les chercheurs. Et les auteurs de l’étude de conclure que ces résultats permettent de comprendre, sur le plan immunologique, la forte poussée épidémique des sous-variants BA.2.12.1, BA.4 et BA.5 à laquelle on assiste en ce moment dans des populations pourtant largement vaccinées ou ayant déjà été infectées par BA.1 et BA.2.

 

Ces résultats viennent s’ajouter à ceux présentés, le 15 juin, dans le même journal médical (NEJM) concernant l’immunité induite par la vaccination et l’infection naturelle contre ces mêmes nouveaux sous-variants d’Omicron.

 

Panke Hu, Shan-Lu Liu et ses collègues de l’université d’État de l’Ohio (Columbus) ont examiné les titres en anticorps neutralisants dans des sérums de sujets ayant reçu une unique dose de rappel (personnes triplement vaccinées avec un même vaccin, Pfizer ou Moderna) et qui avaient déjà été infectés par le SARS-CoV-2. Quatre participants avaient reçu trois doses du vaccin Moderna, 11 autres trois doses du vaccin Pfizer.

 

En comparaison à la réponse en anticorps observée contre la souche ancestrale (porteuse de la mutation D614G), les titres en anticorps neutralisants étaient 3,2 fois inférieurs vis-à-vis de BA.2.12.1 et de 4,1 fois inférieurs vis-à-vis de BA.4/BA.5. Ils étaient environ 2,8 fois moindres par rapport aux titres observés contre BA.1 et BA.2. Malgré tout, soulignent les auteurs de l’étude, le rappel vaccinal permet d’obtenir des titres suffisants en anticorps neutralisants contre BA.4/BA.5 et BA.2.12.1, mais moindres que ceux dirigés contre BA.1 et BA.2.

 

Concernant les sérums provenant de patients hospitalisés en soins intensifs durant la vague due au variant Delta, les titres en anticorps neutralisants étaient 5 fois moindres contre BA.4/BA/5 que contre la souche ancestrale (D614G). De même, les titres en anticorps neutralisants contre le variant BA.2.12.1 étaient 5,5 fois inférieurs que ceux contre le variant D614G.

 

Enfin, concernant 30 patients infectés durant la vague Omicron qui ont été hospitalisés mais non admis en réanimation, les auteurs indiquent que les titres en anticorps neutralisants contre BA.4/BA.5 et BA.2.12.1 étaient  respectivement environ 37 % et 10 % inférieurs à ceux contre BA.2. Parmi ces 30 patients infectés par BA.1, deux n’étaient pas vaccinés. Ils avaient des anticorps neutralisants contre tous les variants, à l’exception de BA.4/BA.5. En revanche, les patients qui avaient reçu un rappel avaient des anticorps neutralisants contre l’ensemble des variants testés.

 

Selon les auteurs de l’étude, ces données indiquent donc que « la vague due à BA.1 n’apparaît pas offrir une protection efficace contre les nouveaux sous-variants émergents ». Et de conclure : « Ces résultats soulignent l’importance d’une dose de rappel vaccinal pour la protection contre ces variants émergents ».

 

Pour en savoir plus :

 

Hachmann NP, Miller J, Collier AY, et al. Neutralization Escape by SARS-CoV-2 Omicron Subvariants BA.2.12.1, BA.4, and BA.5. N Engl J Med. 2022 Jun 22. doi: 10.1056/NEJMc2206576

 

Qu P, Faraone J, Evans JP, et al. Neutralization of the SARS-CoV-2 Omicron BA.4/5 and BA.2.12.1 Subvariants. N Engl J Med. 2022 Jun 15. doi: 10.1056/NEJMc2206725

 

Yamasoba D, Kosugi Y, Kimura I, et al; Genotype to Phenotype Japan (G2P-Japan) Consortium. Neutralisation sensitivity of SARS-CoV-2 omicron subvariants to therapeutic monoclonal antibodies. Lancet Infect Dis. 2022 Jul;22(7):942-943. Published online 2022 Jun 9. doi: 10.1016/S1473-3099(22)00365-6

 

Cao Y, Wang J, Jian F, et al. Omicron escapes the majority of existing SARS-CoV-2 neutralizing antibodies. Nature. 2022 Feb;602(7898):657-663. Published online: 23 December 2021. doi:10.1038/s41586-021-04385-3

 

Mise à jour : Arora P, Kempf A, Nehlmeier I, et al. Augmented neutralisation resistance of emerging omicron subvariants BA.2.12.1, BA.4, and BA.5. Lancet, Published:June 28, 2022. doi : 10.1016/S1473-3099(22)00422-4

 

Source :

Le Monde

Publié le 26 juin 2022

 

 

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